Kegiatan mata pencaharian alternatif (MPA) pada COREMAP II (Coral Reef Rehabilitation and Management Program Phase II) merupakan suatu kegiatan usaha baru atau usaha lama yang dapat dikembangkan sesuai dengan kondisi dan sumberdaya yang ada di lingkungan sekitarnya. Umumnya usaha yang dilakukan adalah kegiatan sampingan dan mampu meningkatkan pendapatan seperti usaha budidaya, usaha pengolahan atau usaha ekonomi lainnya yang tidak bertentangan dengan kaidah-kaidah pengelolaan sumberdaya perikanan yang berkelanjutan. Selain mengisi pendapatan nelayan yang terkena dampak langsung kegiatan pengembangan pengelolaan sumberdaya laut secara berkelanjutan, Program mata pencaharian alternatif yang dilakukan Coremap II ini diharapkan dapat mengurangi atau menghilangkan cara-cara penangkapan ikan atau pemanfaatan sumberdaya laut lainnya yang berakibat pada rusaknya terumbu karang.

Target pokok pelaksanaan COREMAP II adalah meningkatnya pendapatan masyarakat pesisir (sebanyak 10.000 kepala keluarga) secara nyata minimal 2 % pertahun. Salah satu input yang diberikan oleh proyek melalui dukungan pelaksanaan MPA. Penentuan jenis MPA tidak hanya dilihat dari keinginan masyarakat saja, tetapi harus mempertimbangkan faktor-faktor lainnya. Bahkan untuk memastikan bahwa jenis-jenis usaha yang akan diusulkan sebagai MPA, maka sebelumnya dilakukan kajian secara komprehensif tentang jenis-jenis usaha yang telah ada dan peluang pengembangan usaha lainnya. Faktor-faktor usaha ekonomi yang dikaji kelayakannya adalah; (a) kesesuaian lokasi (kebutuhan benih, lingkungan perairan, kebiasaan masyarakat setempat), (b) penguasaan teknologi, (c) melibatkan banyak orang, (d) ketersediaan sarana dan prasarana, (e) tenaga terampil, dan (f) keterjangkauan terhadap pasar. Pemilihan jenis MPA tanpa memperhatikan faktor-faktor tersebut di atas, dapat menyebabkan peluang keberhasilannya sangat kecil apalagi jika dikaitkan dengan terget proyek. Untuk menjamin efektifitas pelaksanaan MPA, maka Pokmas diberikan penyuluhan dan pelatihan tentang manajemen dan teknis usaha, sistem keuangan, dan pembukuan (bookeeping). Topik pelatihan yang diberikan harus disesuaikan dengan jenis-jenis MPA yang akan dilaksanakan, serta kebutuhan praktis untuk pengembangan MPA. Siklus MPA tidak berujung di Desa/Kelurahan dimana MPA dilaksanakan, akan tetapi masih ada mata rantai yang harus dilewati utamanya untuk penjualan produk atau hasil dari MPA.

Untuk mengefektifkan proses penjualan produk atau hasil dari MPA, maka COREMAP II akan mendukung Pokmas-Pokmas agar dapat lebih kuat menjangkau pasar. Dalam konteks ini, PIU (Project Implementing Unit), RCU (Regional Coordinating Unit), dan PMO (Project Management Officer) membantu dan memfasilitasi Pokmas-Pokmas membangun kemitraan dengan pengusaha lokal, regional bahkan nasional. Agar posisi Pokmas-Pokmas semakin baik dan proses kemitraan berjalan lancar, maka PIU dan RCU memberikan dukungan dalam hal pemberian kemudahan bagi pengusaha mitra dalam melakukan pembinaan usaha bagi Pokmas-Pokmas dan proses pembelian/penjualan, serta pengembangan skala usaha. Selain itu, PIU dan RCU akan memfasilitasi Pokmas-Pokmas untuk melakukan promosi usaha, dan kemitraan dengan pihak-pihak terkait lainnya (seperti perguruan tinggi, lembaga riset untuk melakukam kajian bisnis).